Com a Biotecnologia e a Engenharia de Bioprocessos, o ISI Biomassa oferece à indústria um leque de serviços que ajudam a planejar e gerir a análise de Bioprocessos, bem como operar em diversos campos de atuação através da aplicação tecnológica dos sistemas biológicos, organismos vivos ou derivados destes, para obter ou modificar produtos e/ou processos para usos específicos nos diversos setores industriais.  
Como parte fundamental deste eixo destaca-se a integração de processos (químicos, físicos e biológicos) aplicando o conceito de biorefinaria e visando uma maior eficiência e sustentabilidade na transformação de biomassa e consequentemente na geração/agregação de valor.  

Serviços oferecidos: 

• Engenharia de bioprocessos e microbiologia aplicada; 
• Desenvolvimento e otimização de processos fermentativos; 
• Downstream de processos biotecnológicos: recuperação e purificação de bioprodutos e biomassa celular; 
• Escalonamento do processo de transformação da biomassa; 
• Biorrefinaria e integração de processos;  
• Fermentação submersa e em estado sólido para produção de enzimas e metabólitos. 
• Enzimologia aplicada e biocatálise; 
• Desenvolvimento de tecnologias de produção de biocombustíveis; 
• Cultivo de tecido vegetal in vitro; 
• Desenvolvimento e avaliação do desempenho de bioinsumos em cultivares; 
• Purificação, caracterização e aplicação de produtos naturais de origem microbiana ou vegetal